ファイ・ブレイン ～神のパズル

「それでも僕は記憶を取り戻さなくてはいけないのだろうか」 ジンを連れ出してピクニックをしていたカイトとノノハの前に、レイツェルが現れた。ジンがパズルの楽しさを教えてくれたというカイトと、ジンがパズルを憎んでいたと主張するレイツェルの争いは平行線のまま。一方、ロボットに乗ったマスターブレイン、ドクトル・テオレムと遭遇したキュービックは、カイトを狙うテオレムを止めるため、カイトに代わってテオレムのパズルに挑む。